Python实现简单过滤文本段的方法

本文实例讲述了Python实现简单过滤文本段的方法。分享给大家供大家参考,具体如下:

一、问题:

如下文本:

## Alignment 0: score=397.0 e_value=8.2e-18 N=9 scaffold1&scaffold106 minus
 0- 0:  10026549  10007782   2e-75
 0- 1:  10026550  10007781   8e-150
 0- 2:  10026552  10007780   1e-116
 0- 3:  10026555  10007778    0
 0- 4:  10026570  10007768    0
 0- 5:  10026579  10007758   4e-15
 0- 6:  10026581  10007738   2e-44
 0- 7:  10026587  10007734   9e-145
 0- 8:  10026591  10007732   2e-147
## Alignment 1: score=2304.0 e_value=1e-164 N=47 scaffold1&scaffold107 minus
 1- 0:  10026836  10007942   2e-84
 1- 1:  10026839  10007940    0
 1- 2:  10026840  10007938    0
 1- 3:  10026842  10007937   9e-82
 1- 4:  10026843  10007935   7e-79
 1- 5:  10026847  10007933   3e-119
 1- 6:  10026850  10007932   2e-87
 1- 7:  10026854  10007928   5e-22
 1- 8:  10026855  10007927   3e-101
 1- 9:  10026856  10007925   1e-106
 1- 10:  10026857  10007924    0
 1- 11:  10026858  10007922   9e-123
 1- 12:  10026859  10007921   1e-80
 1- 13:  10026860  10007920   8e-104
 1- 14:  10026862  10007918   4e-25
 1- 15:  10026863  10007917    0
 1- 16:  10026864  10007912   4e-40
 1- 17:  10026865  10007911    0
 1- 18:  10026866  10007910   7e-122
 1- 19:  10026867  10007908   2e-25
 1- 20:  10026868  10007907    0
 1- 21:  10026869  10007905    0
 1- 22:  10026870  10007904   3e-150
 1- 23:  10026871  10007903   5e-77
 1- 24:  10026874  10007901    0
 1- 25:  10026875  10007897    0
 1- 26:  10026876  10007896    0
 1- 27:  10026877  10007894    0
 1- 28:  10026880  10007893   3e-52
 1- 29:  10026881  10007892    0
 1- 30:  10026882  10007891    0
 1- 31:  10026883  10007890    0
 1- 32:  10026886  10007889   1e-50
 1- 33:  10026887  10007888   6e-157
 1- 34:  10026888  10007887    0
 1- 35:  10026889  10007884    0
 1- 36:  10026890  10007883   2e-18
 1- 37:  10026891  10007882   9e-64
 1- 38:  10026892  10007881    0
 1- 39:  10026895  10007880    0
 1- 40:  10026898  10007875    0
 1- 41:  10026900  10007874    0
 1- 42:  10026901  10007873    0
 1- 43:  10026902  10007871   2e-123
 1- 44:  10026903  10007870    0
 1- 45:  10026905  10007869    0
 1- 46:  10026909  10007868   1e-81
## Alignment 2: score=811.0 e_value=3.3e-43 N=17 scaffold1&scaffold111 minus
 2- 0:  10026595  10007449   6e-40
 2- 1:  10026599  10007448   4e-90
 2- 2:  10026600  10007447    0
 2- 3:  10026601  10007444   9e-55
 2- 4:  10026603  10007438   4e-78
 2- 5:  10026604  10007434   9e-122
 2- 6:  10026606  10007432   2e-162
 2- 7:  10026607  10007427    0
 2- 8:  10026608  10007426    0
 2- 9:  10026612  10007417    0
 2- 10:  10026613  10007415   8e-128
 2- 11:  10026614  10007414   3e-64
 2- 12:  10026615  10007409    0
 2- 13:  10026616  10007406    0
 2- 14:  10026617  10007403   1e-171
 2- 15:  10026618  10007402    0
 2- 16:  10026619  10007397   7e-18
........

要求:如果Alignment后面少于20行,把整个的去掉

二、实现方法:

python代码:

#!/usr/bin/python
sum = 0
sumdata = []
FD = open("/root/data.txt","r")
line = FD.readline()
while line:
 if line.find("Alignment") == 3:
 if sum >= 20:
 for i in sumdata:
 print i,
 sum=0
 sumdata=[line]
 else:
 sum = sum + 1
 sumdata.append(line)
 line=FD.readline()
 if len(line) == 0:
 if sum >= 20:
 for i in sumdata:
 print i,

附:

perl代码

#!/usr/bin/perl
open(FD,"/root/data.txt");
while (){
  if ($_ =~ /Alignment/){
    if($sum >= 20){
      print @sumdata;}
    $sum=0;
    @sumdata=($_);}
  else{
    $sum++;
    push(@sumdata,$_);}
}
print @sumdata if $sum >=20;
close(FD);

更多关于Python相关内容感兴趣的读者可查看本站专题:《Python数据结构与算法教程》、《Python函数使用技巧总结》、《Python字符串操作技巧汇总》、《Python入门与进阶经典教程》及《Python文件与目录操作技巧汇总》

希望本文所述对大家Python程序设计有所帮助。

(0)

相关推荐

  • Python如何实现文本转语音

    准备 我测试使用的Python版本为2.7.10,如果你的版本是Python3.5的话,这里就不太适合了. 使用Speech API 原理 我们的想法是借助微软的语音接口,所以我们肯定是要进行调用 相关的接口.所以我们需要安装pywin32来帮助我们完成这一个底层的交互. 示例代码 import win32com.client speaker = win32com.client.Dispatch("SAPI.SpVoice") speaker.Speak("Hello, it

  • 详解Python文本操作相关模块

    详解Python文本操作相关模块 linecache--通过使用缓存在内部尝试优化以达到高效从任何文件中读出任何行. 主要方法: linecache.getline(filename, lineno[, module_globals]):获取指定行的内容 linecache.clearcache():清除缓存 linecache.checkcache([filename]):检查缓存的有效性 dircache--定义了一个函数,使用缓存读取目录列表.使用目录的mtime来实现缓存失效.此外还定义

  • Python 专题五 列表基础知识(二维list排序、获取下标和处理txt文本实例)

    通常测试人员或公司实习人员需要处理一些txt文本内容,而此时使用Python是比较方便的语言.它不光在爬取网上资料上方便,还在NLP自然语言处理方面拥有独到的优势.这篇文章主要简单的介绍使用Python处理txt汉字文字.二维列表排序和获取list下标.希望文章对你有所帮助或提供一些见解~ 一. list二维数组排序 功能:已经通过Python从维基百科中获取了国家的国土面积和排名信息,此时需要获取国土面积并进行排序判断世界排名是否正确. 列表基础知识 列表类型同字符串一样也是序列式的数据类型,

  • Python批量修改文本文件内容的方法

    Python批量替换文件内容,支持嵌套文件夹 import os path="./" for root,dirs,files in os.walk(path): for name in files: #print name if name.endswith(".html"): #print root,dirs,name filename=root+"/"+name f=open(filename,"r") fileconten

  • Python实现统计文本文件字数的方法

    本文实例讲述了Python实现统计文本文件字数的方法.分享给大家供大家参考,具体如下: 统计文本文件的字数,从当前目录下的file.txt取文件 # -*- coding: GBK -*- import string import sys reload(sys) def compareItems((w1,c1), (w2,c2)): if c1 > c2: return - 1 elif c1 == c2: return cmp(w1, w2) else: return 1 def main()

  • Python实现的文本简单可逆加密算法示例

    本文实例讲述了Python实现的文本简单可逆加密算法.分享给大家供大家参考,具体如下: 其实很简单,就是把一段文本每个字符都通过某种方式改变(比如加1) 这样就实现了文本的加密操作,解密就是其逆运算 # -*-coding:utf-8 -*- import sys reload(sys) sys.setdefaultencoding('utf8') #加密 def jiami(): filename=raw_input('please input file:\n') while True: tr

  • Python读写txt文本文件的操作方法全解析

    一.文件的打开和创建 >>> f = open('/tmp/test.txt') >>> f.read() 'hello python!\nhello world!\n' >>> f <open file '/tmp/test.txt', mode 'r' at 0x7fb2255efc00> 二.文件的读取 步骤:打开 -- 读取 -- 关闭 >>> f = open('/tmp/test.txt') >>&

  • Python文件操作,open读写文件,追加文本内容实例

    1.open使用open打开文件后一定要记得调用文件对象的close()方法.比如可以用try/finally语句来确保最后能关闭文件. file_object = open('thefile.txt') try: all_the_text = file_object.read( ) finally: file_object.close( ) 注:不能把open语句放在try块里,因为当打开文件出现异常时,文件对象file_object无法执行close()方法. 2.读文件读文本文件input

  • Python实现简单过滤文本段的方法

    本文实例讲述了Python实现简单过滤文本段的方法.分享给大家供大家参考,具体如下: 一.问题: 如下文本: ## Alignment 0: score=397.0 e_value=8.2e-18 N=9 scaffold1&scaffold106 minus 0- 0: 10026549 10007782 2e-75 0- 1: 10026550 10007781 8e-150 0- 2: 10026552 10007780 1e-116 0- 3: 10026555 10007778 0 0

  • Python实现简单的文本相似度分析操作详解

    本文实例讲述了Python实现简单的文本相似度分析操作.分享给大家供大家参考,具体如下: 学习目标: 1.利用gensim包分析文档相似度 2.使用jieba进行中文分词 3.了解TF-IDF模型 环境: Python 3.6.0 |Anaconda 4.3.1 (64-bit) 工具: jupyter notebook 注:为了简化问题,本文没有剔除停用词"stop-word".实际应用中应该要剔除停用词. 首先引入分词API库jieba.文本相似度库gensim import ji

  • python和shell获取文本内容的方法

    这两天搞脚本,花费不少时间. Python和Shell都可以获取文本内容,网上许多资料介绍的都不具体.简单的使用Python和Shell写了脚本. 做一些笔记沉淀一下. 1.Python实现: #-*- encoding:UTF-8 -*- filehandler = open('f.txt','r') #以读方式打开文件,rb为二进制方式(如图片或可执行文件等) print filehandler.read() #读取整个文件 filehandler.close() #关闭文件句柄 2.She

  • Python实现简单拆分PDF文件的方法

    本文实例讲述了Python实现简单拆分PDF文件的方法.分享给大家供大家参考.具体如下: 依赖pyPdf处理PDF文件 切分pdf文件 使用方法: 1)将要切分的文件放在input_dir目录下 2)在configure.txt文件中设置要切分的份数(如要切分4份,则设置part_num=4) 3)执行程序 4)切分后的文件保存在output_dir目录下 5)运行日志写在pp_log.txt中 P.S. 本程序可以批量切割多个pdf文件 from pyPdf import PdfFileWri

  • php简单判断文本编码的方法

    本文实例讲述了php简单判断文本编码的方法.分享给大家供大家参考.具体如下: 这里通过对文本的一次循环编码,来判断是否属于该编码. public function chkCode($string) { $code = array( 'ASCII', 'GBK', 'UTF-8' ); foreach ($code as $c) { if ($string === iconv('UTF-8', $c, iconv($c, 'UTF-8', $string))) { return $c; } } r

  • PHP简单实现文本计数器的方法

    本文实例讲述了PHP简单实现文本计数器的方法.分享给大家供大家参考,具体如下: <?php if (file_exists('count_file.txt')) { $fil = fopen('count_file.txt', r); $dat = fread($fil, filesize('count_file.txt')); echo $dat+1; fclose($fil); $fil = fopen('count_file.txt', w); fwrite($fil, $dat+1);

  • Python实现简单HTML表格解析的方法

    本文实例讲述了Python实现简单HTML表格解析的方法.分享给大家供大家参考.具体分析如下: 这里依赖libxml2dom,确保首先安装!导入到你的脚步并调用parse_tables() 函数. 1. source = a string containing the source code you can pass in just the table or the entire page code 2. headers = a list of ints OR a list of strings

  • Python实现简单截取中文字符串的方法

    本文实例讲述了Python实现简单截取中文字符串的方法.分享给大家供大家参考.具体如下: web应用难免会截取字符串的需求,Python中截取英文很容易: >>> s = 'abce' >>> s[0:3] 'abc' 但是截取utf-8的中文机会截取一半导致一些不是乱码的乱码.其实utf8截取很简单,这里记下来作为备忘 #-*- coding:utf8 -*- s = u'中文截取' s.decode('utf8')[0:3].encode('utf8') # 结果u

  • Python实现简易过滤删除数字的方法小结

    本文实例总结了Python实现简易过滤删除数字的方法.分享给大家供大家参考,具体如下: 如果想从一个含有数字,汉字,字母的列表中滤除仅含有数字的字符,当然可以采取正则表达式来完成,但是有点太麻烦了,因此可以采用一个比较巧妙的方式: 1.正则表达式解决 import re L = [u'小明', 'xiaohong', '12', 'adf12', '14'] for i in range(len(L)): if re.findall(r'^[^\d]\w+',L[i]): print re.fi

  • python实现简单的单变量线性回归方法

    线性回归是机器学习中的基础算法之一,属于监督学习中的回归问题,算法的关键在于如何最小化代价函数,通常使用梯度下降或者正规方程(最小二乘法),在这里对算法原理不过多赘述,建议看吴恩达发布在斯坦福大学上的课程进行入门学习. 这里主要使用python的sklearn实现一个简单的单变量线性回归. sklearn对机器学习方法封装的十分好,基本使用fit,predict,score,来训练,预测,评价模型, 一个简单的事例如下: from pandas import DataFrame from pan

随机推荐