python 读取dicom文件,生成info.txt和raw文件的方法

目标：利用python读取dicom文件，并进行处理生成info.txt和raw文件

实现：通过pydicom读取dicom文件

代码：

import numpy
import pydicom
import os

# dicom文件所在的文件夹目录
PathDicom = '/home/lk/testdata/1.3.6.1.4.1.9328.50.1.42697596859477567872763647333745089432/'

# 筛选出文件夹目录下所有的dicom文件
lstFilesDCM = []
for dirName, subdirList, fileList in os.walk(PathDicom):
  for filename in fileList:
    if '.dcm' in filename.lower():
      lstFilesDCM.append(os.path.join(dirName, filename))

# Get ref file
RefDs = pydicom.read_file(lstFilesDCM[0])

# Load dimensions based on the number of rows, columns, and slices (along the Z axis)
ConstPixelDims = (int(RefDs.Rows), int(RefDs.Columns), len(lstFilesDCM))

# Load spacing values (in mm)
ConstPixelSpacing = (float(RefDs.PixelSpacing[0]), float(RefDs.PixelSpacing[1]), float(RefDs.SliceThickness))

# save info.txt
info = ConstPixelDims + ConstPixelSpacing
f = open('/home/lk/testdata/1.3.6.1.4.1.9328.50.1.42697596859477567872763647333745089432/info.txt', 'w')
for n in info:
  f.write(str(n)+' ')
f.close()

# According to location sorting
location = []
for i in range(len(lstFilesDCM)):
  ds = pydicom.read_file(lstFilesDCM[i])
  location.append(ds.SliceLocation)
location.sort()

# The array is sized based on 'ConstPixelDims'
ArrayDicom = numpy.zeros((len(lstFilesDCM), RefDs.Rows, RefDs.Columns), dtype=RefDs.pixel_array.dtype)

# loop through all the DICOM files
for filenameDCM in lstFilesDCM:
  # read the file
  ds = pydicom.read_file(filenameDCM)
  # store the raw image data
  ArrayDicom[location.index(ds.SliceLocation), :, :] = ds.pixel_array

# save raw
ds = ArrayDicom.tostring()
f = open('/home/lk/testdata/1.3.6.1.4.1.9328.50.1.42697596859477567872763647333745089432/1.raw', 'wb')
f.write(ds)
f.close()

代码编写过程遇到的问题及解决方法：

Problem one: pydicom版本问题。

pydicom1.x中读取dicom文件调用pydicom.read_file(filename);

pydicom0.9中读取dicom文件调用dicom.read_file(filename);

Problem two:python中IO操作

(1) f = open(filename, mode)

其中filename为文件的路径， mode为操作标识符：‘r' 表示读， ‘w'表示写，‘a'表示既可读又可写，‘b'表示二进制文件。

(2) f.write(value)

其中参数value必须是字符串类型的。

当然还有一些其他的问题，在这里就不细说了，多入坑才能学的多，切不可烦躁，代码就是要多敲才能得心应手，共勉。

以上这篇python 读取dicom文件,生成info.txt和raw文件的方法就是小编分享给大家的全部内容了，希望能给大家一个参考，也希望大家多多支持我们。

赞 (0)

相关推荐

  • python 读取DICOM头文件的实例

    用dicompyler软件打开dicom图像,头文件如图所示: 当然也可以直接读取: ds = dicom.read_file('H:\Data\data\\21662\\2.16.840.1.113662.2.0.105002416.1489146183.701\CT\\CT#0#21662#E7AB693D.dcm') print ds >> (0008, 0008) Image Type CS: ['ORIGINAL', 'SECONDARY', 'AXIAL'] (0008, 0016

  • python对DICOM图像的读取方法详解

    DICOM介绍 DICOM3.0图像,由医学影像设备产生标准医学影像图像,DICOM被广泛应用于放射医疗,心血管成像以及放射诊疗诊断设备(X射线,CT,核磁共振,超声等),并且在眼科和牙科等其它医学领域得到越来越深入广泛的应用.在数以万计的在用医学成像设备中,DICOM是部署最为广泛的医疗信息标准之一.当前大约有百亿级符合DICOM标准的医学图像用于临床使用. 看似神秘的图像文件,究竟是如何读取呢?网上随便 一搜,都有很多方法,但缺乏比较系统的使用方法,下文综合百度资料,结合python2.7,

  • python 读取dicom文件,生成info.txt和raw文件的方法

    目标:利用python读取dicom文件,并进行处理生成info.txt和raw文件 实现:通过pydicom读取dicom文件 代码: import numpy import pydicom import os # dicom文件所在的文件夹目录 PathDicom = '/home/lk/testdata/1.3.6.1.4.1.9328.50.1.42697596859477567872763647333745089432/' # 筛选出文件夹目录下所有的dicom文件 lstFilesD

  • python读取一个大于10G的txt文件的方法

    python读取一个大于10G的txt文件的方法

    前言 用python 读取一个大于10G 的文件,自己电脑只有8G内存,一运行就报内存溢出:MemoryError python 如何用open函数读取大文件呢? 读取大文件 首先可以自己先制作一个大于10G的txt文件 a = ''' 2021-02-02 21:33:31,678 [django.request:93] [base:get_response] [WARNING]- Not Found: /http:/123.125.114.144/ 2021-02-02 21:33:31,6

  • python读取一个目录下所有txt里面的内容方法

    实例如下所示: import os allFileNum = 0 def printPath(level, path): global allFileNum ''''' 打印一个目录下的所有文件夹和文件 ''' # 所有文件夹,第一个字段是次目录的级别 dirList = [] # 所有文件 fileList = [] # 返回一个列表,其中包含在目录条目的名称 files = os.listdir(path) # 先添加目录级别 dirList.append(str(level)) for f

  • 查找python项目依赖并生成requirements.txt的方法

    一起开发项目的时候总是要搭建环境和部署环境的,这个时候必须得有个python第三方包的list,一般都叫做requirements.txt. 如果一个项目使用时virtualenv环境,还好办 pip freeze 就可以解决,但是如果一个项目的依赖list没有维护,而且又是环境混用,那就不好整理的呀,不过,这里安利一个工具 pipreqs,可以自动根据源码生成 requirements.txt . 使用pip freeze $ pip freeze > requirements.txt 这种方

  • python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)

    1. 用SimpleITK读取dicom序列: import SimpleITK as sitk import numpy as np img_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\original\\1' mask_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1' reader = sitk.ImageSeriesReader() img_names = reader.Get

  • python 读取视频,处理后,实时计算帧数fps的方法

    实时计算每秒的帧数 cap = cv2.VideoCapture("DJI_0008.MOV") #cap = cv2.VideoCapture(0) # Define the codec and create VideoWriter object #fourcc = cv2.cv.FOURCC(*'XVID') fourcc = cv2.VideoWriter_fourcc(*'XVID') out = cv2.VideoWriter('output1.avi', fourcc, 2

  • Python对CSV、Excel、txt、dat文件的处理

    python读取txt文件:(思路:先打开文件,读取文件,最后用for循环输出内容) 1.读取 1.1基于python csv库 #3.读取csv至字典x,y import csv # 读取csv至字典 csvFile = open(r'G:\训练小样本.csv', "r") reader = csv.reader(csvFile) #print(reader) # 建立空字典 result = {} i=0 for item in reader: if reader.line_num

  • python读取excel表格生成erlang数据

    为了将excel数据自动转换成所需要的erlang数据,听同事说使用python会很方便简单,就自学了两天python,写了一个比较粗糙的python脚本,不过能用,有什么优化的地方请指教 代码如下: #!/usr/bin/env python # -*- coding: UTF-8 -*- import sys from openpyxl.reader.excel import load_workbook import os import os.path def gen_data(filena

  • Python读取xlsx数据生成图标代码实例

    运行结果: 程序代码如下: #将excel中的数据进行读取分析 import openpyxl import numpy as np import math import matplotlib.pyplot as pit wk=openpyxl.load_workbook('信息11.xlsx') sheet=wk.active rows=sheet.max_row cols=sheet.max_column lst1=[] lst2=[] for i in range (1,rows+1):

随机推荐