在linux中用同一个版本的R 同时安装 Seurat2 和 Seurat3的教程

Seurat  作为单细胞分析中的重量级R包，有多好用用，用过的人都知道。Seurat 分析流程基本涵盖了单细胞分析中的所有常见分析方法，包括filtering，tSNE，UMAP降维及画图等。还有一个重量级功能就是矫正不同实验之间的批次效应。然而Seurat 2和Seurat 3的矫正方法完全不一样，得到的结果也不一致。

Seurat 2是基于CCA （典型相关性）的，可以矫正肿瘤，外周血及癌旁组织间由于实验带来的批次效应，也能很好的矫正用不同的单细胞实验平台进行试验带来的批次效应。虽然速度慢，效果还是不错的。而Seurat 3 则是基于样本间具有相似表达谱的细胞群来进行矫正，对于同一种性质的实验，由于不同单细胞技术造成的实验批次效应，seurat 3 能够很好的矫正。从官网给的pancers矫正结果就可以看到其矫正能力多么强大。然而正式因为如此强大的矫正能力，对于肿瘤和外周血样本的矫正却过了头，导致不该分在一起的细胞具有了相似的基因表达谱。本人也是做了好几个课题，发现都存在这样的问题，因此果断放弃Seurat 3的矫正方法，继续用Seurat 2的。但是Seurat 3的 findmarker 这个功能可以一次计算10万以上的细胞不报错，而Seurat 2就不行，折衷的方案是同时安装 Seurat 2和 Seurat 3的包，在内存里切换数据，而不用写到本地后再用Seurat 3读取后升级。

尤其是对于动辄10几万个细胞来说，保存数据到本地这个操作要花费至少30min, 读取也要30min.

下面我就告诉大家不用读写到本地就可以在Seurat 2 和 Seurat 3之间完美切换，。

其实方法很简单，将Seurat 2和 Seurat 3 安装在不同的 library 里面就行了。

我已经安装好了，以我自己进行的自由切换为例:

> R.version
        _
platform    x86_64-conda_cos6-linux-gnu
arch      x86_64
os       linux-gnu
system     x86_64, linux-gnu
status
major     3
minor     6.1
year      2019
month     07
day      05
svn rev    76782
language    R
version.string R version 3.6.1 (2019-07-05)
nickname    Action of the Toes

　我用的是最新的R版本 3.6.1很好用。

默认的library 是conda 自带的

> .libPaths()
[1] "/data/home/heshuai/anaconda3/lib/R/library"

默认的Seurat是最新版的 Seurat 3

> library(Seurat)
Registered S3 method overwritten by 'R.oo':
 method    from
 throw.default R.methodsS3
> packageVersion("Seurat")
[1] ‘3.0.2'

我在另一个library 里安装了 Seurat 2

/data/home/heshuai/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library

在两者间自由切换

1. 首先将 Seurat 2 所在的library 加载进来

> .libPaths("/data/home/heshuai/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library")
> .libPaths()
[1] "/data/home/heshuai/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library" "/data/home/heshuai/anaconda3/lib/R/library"
>

2. detach Seurat 3 后加载 Seurat 2, 因为这个时候Seurat 2 所在的library 已经在Seurat 3 之前了，系统会默认先加载Seurat 2

> detach("package:Seurat", unload = T)
> library(Seurat)
Loading required package: ggplot2
RStudio Community is a great place to get help: https://community.rstudio.com/c/tidyverse.
Loading required package: cowplot

********************************************************
Note: As of version 1.0.0, cowplot does not change the
 default ggplot2 theme anymore. To recover the previous
 behavior, execute:
 theme_set(theme_cowplot())
********************************************************

Loading required package: Matrix
> packageVersion("Seurat")
[1] ‘2.3.4'
> 　

现在Seurat 3已经成功的切换成Seurat 2了. 想要加载Seurat 3的时候，将默认library 换到Seurat 2的前面即可。

是不是 so easy !　

总结

以上所述是小编给大家介绍的在linux中用同一个版本的R 同时安装 Seurat2 和 Seurat3的教程，希望对大家有所帮助，如果大家有任何疑问欢迎给我留言，小编会及时回复大家的！

赞 (0)

相关推荐

  • linux系统安装iso文件方法

    linux系统下怎么安装iso文件? 安装步骤: 1.在/mnt目录下,创建相应的iso文件夹,例如iso. 2.运行以下命令,挂载iso文件 mount -o loop /home/tecmint/Fedora-18-i386-DVD.iso /mnt/iso 说明:/home/tecmint/Fedora-18-i386-DVD.iso是iso文件路径名的 成功安装ISO映像后,将安装目录转到/mnt/iso并列出ISO映像的内容.它只能以只读模式挂载,因此不能修改任何文件. cd /mnt

  • Linux下安装nginx的实现方法

    Nginx 是 C语言 开发,建议在 Linux 上运行,当然,也可以安装 Windows 版本, 安装依赖 yum install gcc yum install pcre-devel yum install zlib zlib-devel yum install openssl openssl-devel 安装这4个依赖的时候,中间会有一些询问,输入Y即可 下载nginx的tar包 //进入/usr/local目录 cd /usr/local //创建一个文件夹nginx mkdir ngi

  • Linux虚拟机下安装Oracle 11G教程图文解说

    1.安装环境 操作系统:Red hat 6.5 内存:内存最低要求256M (使用:grep MemTotal /proc/meminfo 命令查看) 交换空间:SWAP交换空间大小根据内存大小决定(使用:grep SwapTotal /proc/meminfo 命令查看) 硬盘空间:不低于20G,/tmp文件空闲不低于400M,软件安装目录空间最好不低于5G (使用:df -h命令查看) 2.安装过程 1).添加用户组和用户,并给用户设置密码 [root@redhat ~]# groupadd

  • linux安装mysql 8.0.x的完整步骤

    MySQL MySQL简介 MySQL原本是一个开放源代码的关系数据库管理系统,原开发者为瑞典的MySQL AB公司,该公司于2008年被昇阳微系统(Sun Microsystems)收购.2009年,甲骨文公司(Oracle)收购昇阳微系统公司,MySQL成为Oracle旗下产品. MySQL在过去由于性能高.成本低.可靠性好,已经成为最流行的开源数据库,因此被广泛地应用在Internet上的中小型网站中.随着MySQL的不断成熟,它也逐渐用于更多大规模网站和应用,比如维基百科.Google和

  • Linux系统下安装三个或者多个tomcat(步骤详细)

    即然安装多个tomcat,那么必然建立在系统已经安装好了jdk,并且会安装 一个tomcat的基础上,这里就不做过多描述,直奔主题. 安装多个tocat的方式其实和安装一个大同小异,只是需要更改一些配置. 先前我已经安装了三个tomcat了,忘了截图, 所以今天准备再安装第四个,我会详细记录步骤,并截图说明,大家依照步骤一步一步操作是没有任何问题的. 第一步:复制,解压 将准备好的tomcat压缩包复制到你准备安装的目录,我的tomcat压缩包名字是tomcat.tar.gz,我的安     

  • Linux下mysql 8.0.15 安装配置图文教程以及修改密码

    写这篇博客是为了记住我刚刚安装成功的MySQL8.0.15,之前在网上找了很多博客最终没能成功,然后去google上找了几篇最终装好了,装数据库之前我是重装了服务器系统的,所以这个安装环境是很干净的,写着篇博客希望能帮的上你,同时我自己以后装也不用到处去找了. 第一步,下载安装包  wget https://repo.mysql.com//mysql80-community-release-el7-1.noarch.rpm,其他版本自行去官网下载 先创建文件夹,在/usr/local/目录下创建

  • 解决Linux Tensorflow2.0安装问题

    conda update conda pip install tf-nightly-gpu-2.0-preview conda install https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/linux-64/cudnn-7.3.1-cuda10.0_0.tar.bz2 conda install https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/linux-64/cud

  • 在linux中用同一个版本的R 同时安装 Seurat2 和 Seurat3的教程

    Seurat  作为单细胞分析中的重量级R包,有多好用用,用过的人都知道.Seurat 分析流程基本涵盖了单细胞分析中的所有常见分析方法,包括filtering,tSNE,UMAP降维及画图等.还有一个重量级功能就是矫正不同实验之间的批次效应.然而Seurat 2和Seurat 3的矫正方法完全不一样,得到的结果也不一致. Seurat 2是基于CCA (典型相关性)的,可以矫正肿瘤,外周血及癌旁组织间由于实验带来的批次效应,也能很好的矫正用不同的单细胞实验平台进行试验带来的批次效应.虽然速度慢

  • CentOS 7 中以命令行方式安装 MySQL 5.7.11 for Linux Generic 二进制版本教程详解

    MySQL 目前的最新版本是 5.7.11,在 Linux 下提供特定发行版安装包(如 .rpm)以及二进制通用版安装包(.tar.gz).一般情况下,很多项目都倾向于采用二进制通用安装包形式来进行安装配置,自定义非常方便.但在安装过程中发现,其实官方提供的安装说明文件太过简单,而且里面的参数还有问题,依照执行后,mysql 服务启动报错,查找了一些资料并反复试验后,自己总结出一套切实可行的安装配置流程,具体如下: 1.下载 MySQL for Linux Generic 二进制版本安装包(.t

  • linux下直接拷贝新版本R的方法

    linux下直接拷贝新版本R的方法

    如果要使用新版本的R,除了直接安装,也可以直接拷贝R的文件夹.这样既可以保留原始的R版本和R包,也可以使用新版本的R和R包,R包存放在R目录下的library文件夹. 文件放路径 R: /usr/lib64/R llibrary: 系统R library目录:/usr/lib64/R/library ;个人家目录下默认的R library目录:~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2,最后一个是R版本号 拷贝后的操作 将新版本R拷贝过来后,进入R/bin/,编辑R文

  • python获取Linux下文件版本信息、公司名和产品名的方法

    本文实例讲述了python获取Linux下文件版本信息.公司名和产品名的方法,分享给大家供大家参考.具体如下: 区别于前文所述.本例是在linux下得到文件版本信息,主要是通过pefile模块解析文件 中的字符串得到的.代码如下: def _get_company_and_product(self, file_path): """ Read all properties of the given file return them as a dictionary. @retur

  • Linux更新Python版本及修改python默认版本的方法

    linux下更新Python版本并修改默认版本,有需要的朋友可以参考下. 很多情况下拿到的服务器python版本很低,需要自己动手更改默认python版本 1.从官网下载python安装包(这个版本可以是任意版本3.3 2.7 2.6等等) wget http://python.org/ftp/python/2.7/Python-2.7.tar.bz2 2.解压并安装 tar -jxvf Python-2.7.tar.bz2 cd Python-3.3.0 ./configure make al

  • Linux查看系统版本的方法汇总

    一.查看Linux系统发行版本 命令1:lsb_release -a 该命令适用于所有Linux系统,会显示出完整的版本信息,包括Linux系统的名称,如Debian.Ubuntu.CentOS等,和对应的版本号,以及该版本的代号,例如在Debian 8中将会显示代号jessie. $ lsb_release -a No LSB modules are available. Distributor ID: Debian Description: Debian GNU/Linux 8.0 (jes

  • linux命令行下使用R语言绘图实例讲解

    使用系统:centos 6.4 64bit 在R语言中可以使用png()等函数生成图片,例如: png("aa.png")可以生成图片. 但是如果你是通过shell远程连接到系统上,可能会碰到如下错误: > png("aa.png") 错误于.External2(C_X11, paste("png::", filename, sep = ""), g$width,  :    无法打开PNG设备 此外: 警告信息: In

  • Linux server配置安装Java与Tomcat服务器教程详解

    系统:Ubuntu 16.04 dev_desktop 1.Java安装并配置环境变量 (1)从Java官方网站下载最新版JDK: http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html 下载jdk压缩包 jdk-8u144-linux-x64.tar.gz (2)  将压缩包解压并复制到/usr/lib 目录下 tar -zxvf jdk-8u144-linux-x64.tar.gz sudo cp -r ./jdk

  • Linux环境(CentOS6.7 64位)下安装subversion1.9.5的方法

    Linux环境(CentOS6.7 64位)下安装subversion1.9.5的方法

    本文实例讲述了Linux环境(CentOS6.7 64位)下安装subversion1.9.5的方法.分享给大家供大家参考,具体如下: 安装环境以及软件版本如下. subversion使用1.9.5版本,服务器使用阿里云服务器,CentOS6.7(64位). 1.第一步 现在软件,安装svn共需要使用如下软件,apr-1.5.2.tar.gz.apr-util-1.5.4.tar.gz.zlib-1.2.11.sqlite-autoconf-3130000.tar.gz(前面四个都是依赖包)su

  • Linux下安装mysql-8.0.20的教程详解

    ** Linux下安装mysql-8.0.20 ** 环境介绍 操作系统:CentOS 7 mysql下载地址:https://dev.mysql.com/downloads/mysql/ 下载版本:https://www.jb51.net/softs/609101.html https://www.jb51.net/softs/609101.html 卸载mysql 查看是否安装过mysql,命令:find / -name mysql 如果安装过,进行卸载: 删除相关目录: 删除配置文件: 删

随机推荐