R语言绘制Facet violin plot小提琴刻面图实现示例

2024-09-28 15:20:41

老铁们，许久未见啦。顺便说一下，最近可不是小仙同学偷懒哟，电脑上个月送修今天刚刚拿回来(想买联想Yoga的同学先问问自己会不会拆电脑换排线，我买的这台用了一个月，送修也用了一个月 )。
最近我可攒了个大招呢，先来看看下面这张图，有没有很眼熟呢？

这张图在开始介绍R语言的时候就出现过啦，不过小仙同学当时并不知道怎么画。今天可以秀一把啦。

Step1. 绘图数据的准备

老样子，准备好要作图的csv文件。
数据的格式如下图：列表示一种变量(特征)，第一行是列名
a1~a9表示9种基因，TypeA~TypeC表示三种不同的细胞

Step2. 绘图数据的读取

data<-read.csv(“your file path”, header = T)    #注释：header=T表示数据中
                                的第一行是列名，如果没有列名就用header=F

Step3.绘图所需package的安装、调用

#注释：大家要注意今天要用的package安装比较特别哟
install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("kassambara/easyGgplot2")
library(easyGgplot2)
#注释：今天还要用到一个新的函数，reshape2里的melt函数，可以把宽数据变成长数据
install.package("reshape2")
library(reshape2)
df<-melt(data,id.vars = c("type"))

Step4. 绘图

ggplot2.violinplot(data=df,xName='variable',yName='value',         #注释：xName表示x轴变量，yName表示y轴变量
                   groupName='variable', legendPosition="top",
                   faceting=TRUE,facetingVarNames="type")

Step5.美化

ggplot2.violinplot(data=df,xName='variable',yName='value',
                   groupName='variable', legendPosition="top",
                   backgroundColor="white",
                   removePanelGrid=TRUE,
                   axisLine=c(0.5, "solid", "black"),
                   faceting=TRUE, facetingVarNames="type")

Ps：如果想去掉边框可以加上这一句removePanelBorder=TRUE

到这里已经可以完成facet violin plot了，那么问题来了，怎么才能让图片变成下图这个样子呢？小仙同学用了个很笨的方法，下次分享揭晓答案哟！

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