python sitk.show()与imageJ结合使用常见的问题

在python中配置simpleITK时，遇到了以下这个问题。

simpleITK已经通过pip install安装，但是sitk.show()功能无法正常使用，类似如下

实例代码

import SimpleITK as sitk
import sys
import os
example = sitk.ReadImage("filename")
sitk.show(example)

在sitk.show()这一步会出现以下错误

“Traceback (most recent call last):
File "", line 1, in 
sitk.Show(image)
File "C:\Python27\lib\site-packages\SimpleITK.py", line 4158, in Show
return _SimpleITK.Show(*args, **kwargs)
RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK Show: ............\Build\ITK\SimpleITK-0.7.1\Code\IO\src\sitkShow.cxx:463:
 
sitk::ERROR: Error in administrating child process: [参数错误。]”

原因是SimpleITK的图像显示功能是通过类似ITK-snap，ImageJ进行实现的，所以在进行sitk.show()之前，需要对此进行设置才能正常实现。

这里参考stack overflow别人给的意见https://stackoverflow.com/questions/43215774/can-not-linksimpleitkshow-with-fiji

ImageJ Installation

Go to https://imagej.nih.gov/ij/download.html

Make sure to download the bundled with 64-bit Java 1.8.0_112 version

ImageJ Setup

Go to https://imagej.nih.gov/ij/plugins/nifti.html

Download nifti_io.jar

Go to C:\blah\blah\ImageJ\plugins\Input-Output

Delete the existing nifti_io.jar file from the folder

Copy the downloaded nifti_io.jar file into the folder

Restart ImageJ and check if File -> Import -> NIfTI-Analyze is there

If it is there, the plugin was successfully installed

SimpleITK Setup

Find the path where your ImageJ.exe file exists

Open cmd

Type in setx SITK_SHOW_COMMAND "C:\blah\blah\ImageJ\ImageJ.exe"

You should get the message SUCCESS: Specified value was saved

Check if everything works

Restart your text editor or IDE (if it was already open)

Run your code

​​​​​​除了下载ImageJ操作，另外的很简单。

  • 在环境变量里面添加SITK_SHOW_COMMAND ，以imageJ为例，路径指向ImageJ-win64.exe
  • 在环境变量中的path中添加%SITK_SHOW_COMMAND%

到此这篇关于python sitk.show()与imageJ结合使用常见的问题的文章就介绍到这了,更多相关sitk.show()结合imageJ内容请搜索我们以前的文章或继续浏览下面的相关文章希望大家以后多多支持我们！

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