.img/.hdr格式转.nii格式的操作

MATLAB转格式,需要使用spm package(https://github.com/neurodebian/spm12).

%%img2nii.m--------------------------------------------
%Script to convert hdr/img files to nii.
%This script uses SPM function, so you need to install SPM5 or later.
%Kiyotaka Nemoto 05-Nov-2014

%select files
f = spm_select(Inf,'img$','Select img files to be converted');

%convert img files to nii
for i=1:size(f,1)
 input = deblank(f(i,:));
 [pathstr,fname,ext] = fileparts(input);
 output = strcat(fname,'.nii');
 V=spm_vol(input);
 ima=spm_read_vols(V);
 V.fname=output;
 spm_write_vol(V,ima);
end

附加一下volume data是如何转surface data的吧…

wb_command -volume-to-surface-mapping ArticParcels_Smithetal.nii /home/murphyhuang/tmp/nii/HCP_fMRI/Q1-Q6_R440.L.flat.32k_fs_LR.surf.gii outL.shape.gii -trilinear

补充知识：数据读取——（.img .hdr）

1、定义

该图像格式含有两部分：一个是图像 ‘.img '，另一个是图像头文件 '.hdr'，该文件记录了图像的信息，如图像尺寸、波段数、数据类型和大小端等。如果缺少头文件，将无法对图像进行读取，因此头文件十分重要。

2、读取

使用Matlab中NifTi包读取。

eg：

img=load_nii(‘D:\a01_101_bmask.hdr')

以上这篇.img/.hdr格式转.nii格式的操作就是小编分享给大家的全部内容了，希望能给大家一个参考，也希望大家多多支持我们。

赞 (0)

相关推荐

  • python实现批量nii文件转换为png图像

    之前介绍过单个nii文件转换成png图像: https://www.jb51.net/article/165693.htm 这里介绍将多个nii文件(保存在一个文件夹下)转换成png图像.且图像单个文件夹的名称与nii名字相同. import numpy as np import os #遍历文件夹 import nibabel as nib #nii格式一般都会用到这个包 import imageio #转换成图像 def nii_to_image(niifile): filenames =

  • 使用Nibabel库对nii格式图像的读写操作

    因为后期主要的研究方向是医学图像处理,而现有手头的大部分数据都是nii格式或者是hdr,img格式的数据,所以首先第一步我们需要解决图像的读写问题. 其实使用OpenCV也可以方便的进行图像读取,但是这里暂时只学习Nibabel这个库,后面有时间的话再研究OpenCV在python中的使用. Nibabel的安装 可以通过pip进行安装 pip install nibabel 简单的图像读取和存储操作 import os import nibabel as nib # 读取图像 path='C:

  • Ubuntu+python将nii图像保存成png格式

    这里介绍一个nii文件保存为png格式的方法. 这篇文章是介绍多个nii文件保存为png格式的方法: https://www.jb51.net/article/165692.htm 系统:Ubuntu 16.04 软件: python 3.5 先用pip安装nibabel.numpy.imageio.os. import nibabel as nib import numpy as np import imageio import os def read_niifile(niifile): #读

  • python 读取.nii格式图像实例

    我就废话不多说了,大家还是直接看代码吧~ # encoding=utf8 ''' 查看和显示nii文件 ''' import matplotlib matplotlib.use('TkAgg') from matplotlib import pylab as plt import nibabel as nib from nibabel import nifti1 from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D example_filename = '../AD

  • 使用npy转image图像并保存的实例

    1. 用于分类模型: import numpy as np import scipy.misc import cv2 import os # DF1 path = "/home/pi/工作/predict1/" npy_list = os.listdir(path) save_path = "/home/pi/predict1_img/" if not os.path.exists(save_path): os.mkdir(save_path) for i in r

  • .img/.hdr格式转.nii格式的操作

    MATLAB转格式,需要使用spm package(https://github.com/neurodebian/spm12). %%img2nii.m-------------------------------------------- %Script to convert hdr/img files to nii. %This script uses SPM function, so you need to install SPM5 or later. %Kiyotaka Nemoto 0

  • python实现npy格式文件转换为txt文件操作

    如下代码会将npy的格式数据读出,并且输出来到控制台: import numpy as np ##设置全部数据,不输出省略号 import sys np.set_printoptions(threshold=sys.maxsize) boxes=np.load('./input_output/boxes.npy') print(boxes) np.savetxt('./input_output/boxes.txt',boxes,fmt='%s',newline='\n') print('----

  • php实现转换html格式为文本格式的方法

    本文实例讲述了php实现转换html格式为文本格式的方法.分享给大家供大家参考,具体如下: 有时候需要转换html格式的字符串为文本,但又需要保持一定的格式,比如要求段落变成的分段格式就可以用下面这个函数 function html2text($str){ $str = preg_replace("/<style .*?<\\/style>/is", "", $str); $str = preg_replace("/<script

  • Python实现将mp3音频格式转换为wav格式

    Python实现将mp3音频格式转换为wav格式

    最近收到一个朋友委托的需求,要将MP3的音频格式转换成wav的音频格式.于是,使用python写了这个小工具便于批量进行转换操作. 首先,下载需要导入的python模块包.这里选用清华大学的镜像站进行模块的下载. pip install ffmpy -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/ 然后,导入需要依赖的python模块. from ffmpy import FFmpeg as mpy # 音频格式转换对象 import os # 文件系统操

  • Spring Boot 配置文件类型properties 格式与yml 格式

    目录 一 配置文件类型 二 配置文件 2.1 核心配置文件 2.1.1 bootstrap.yml(bootstrap.properties) 2.1.2 application.yml(application.properties) 2.2 自定义配置文件 三 配置文件读取 3.1 读取核心配置文件信息 3.1.1 Environment方式 3.1.2 @Value方式 3.1.3 @ConfigurationProperties方式 3.2 读取自定义配置文件信息 3.2.1 @Prope

  • iOS 中使用正则表达式判断身份证格式及银行卡号格式是否正确(推荐)

    1.有时候我们会用到上传身份证号,或者银行卡号,这个时候就需要我们对身份证号以及银行卡号,进行基本的判断. 下面便是身份证号的判断返回YES是合法,反之不合法 #pragma mark 判断身份证号是否合法 - (BOOL)judgeIdentityStringValid:(NSString *)identityString { if (identityString.length != 18) return NO; // 正则表达式判断基本 身份证号是否满足格式 NSString *regex2

  • JS无限极树形菜单,json格式、数组格式通用示例

    修改了一下数据格式,是json和数组或者混合型的数据都通用,不用特定key等 复制代码 代码如下: <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd"> <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml"&g

  • pandas object格式转float64格式的方法

    在数据处理过程中 比如从CSV文件中导入数据 data_df = pd.read_csv("names.csv") 在处理之前一定要查看数据的类型 data_df.info() *RangeIndex: 891 entries, 0 to 890 Data columns (total 12 columns): Name 891 non-null object Sex 891 non-null object Age 714 non-null float64 SibSp 891 non-

随机推荐